Добрый день.
С юридической точки зрения, в законе нет указания на то, что в протоколе должно отражаться несогласие призывника.
По практике, можем сказать, что Вам необходимо отражать не в протоколе заседания призывной комиссии, а посредством обжалования в вышестоящую призывную комиссию/суд.